年末調整は、法人が対応する必要があるマイナンバー関係業務であるといえます。マイナンバーを従業員に記してもらう「平成28年分 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」以降、マイナンバー取得が必要となります。この書類は、平成29年1月1日末までに提出する源泉徴収票のための書類であり、それまでに安全管理措置の準備を行い、マイナンバーの取得を完了することとなります。
内閣官房ホームページ「マイナンバー社会保障・税番号制度 よくある質問（FAQ） Q4－2－1」には、おおむね次のように記されています。
従業員などのマイナンバーは、いつまでに取得しなければなりませんか？
→マイナンバーを記した法定調書などを行政機関などに提出するときまでに取得する必要があります。具体的には、給与所得の源泉徴収票については、平成28年1月の給与支払い以降適用があり、中途退職者以外は、平成29年1月末までに提出する源泉徴収票以降マイナンバーを記さなければなりません。（平成27年4月回答）
給与所得者の扶養控除等（異動）申告書について、そのポイントは次のとおりです。
1.給与所得者（従業員等）の手続
(1)給与所得者は、平成28年1月以後に提出する扶養控除等申告書以降、給与所得者本人のマイナンバーを記します。
(2)給与所得者本人のマイナンバーの他、控除対象配偶者や扶養親族のマイナンバーも記載しなければなりません。
2.給与の支払者（雇用主）の手続
(1)扶養控除等申告書の提出を受けるに当たり、給与の支払者は、次のいずれかの書類で、マイナンバー法に規定する本人確認をしなければなりません。
○給与所得者本人のマイナンバー
カード
○給与所得者本人の通知カード及び写真付身分証明書（免許証など）
※給与所得者の本人確認は給与の支払者が行いますが、控除対象配偶者や扶養親族の本人確認は給与所得者が行います。
※かつて本人確認と同等の措置を取ったことのある雇用関係にある人よりマイナンバーの提供を受ける場合において、その人を対面で確認することで本人であると確認できるときには、身元確認は必要ありません（番号確認のための通知カードの確認のみで構いません）。
(2)給与の支払者は、平成28年1月以降に提出を受ける扶養控除等申告書以降、給与の支払者の法人番号又はマイナンバーを記します。
※給与の支払者の番号は、扶養控除等申告書の提出を受けてから記します。一方、法人番号は、一般に公表されていますので、事前に給与の支払者の法人番号を印字した扶養控除等申告書を給与所得者に配布しても構いません。
平成27年12月 国税庁「国税分野における社会保障・税番号制度導入に伴う各種様式の変更点」を基に作成
なお、平成29年1月1日以降に支払いを受けるべき給与等に係る扶養控除等申告書については、給与支払者が従業員等のマイナンバー等を記載した一定の帳簿を備えていれば、その帳簿に記されている人のマイナンバーの記載が不要とされています。
また、給与所得の源泉徴収票について、そのポイントは次のとおりです。
○平成28年分以降の源泉徴収票より、支払者の法人番号又はマイナンバーを記して提出します（12桁のマイナンバーを記すのであれば、最初の1マスを空けて、右詰めで記します）。
○支払いを受ける人のマイナンバーを記します。
○控除対象配偶者及び扶養親族のマイナンバーを記します。
○給与所得者の扶養控除等（異動）申告書の提出を受けることでマイナンバーの提供を受けるのであれば、支払者は支払いを受ける人のマイナンバーカード等で本人確認をしなければなりません。なお、控除対象配偶者及び扶養親族の本人確認は、支払いを受ける人がします。ただし、かつて本人確認と同等の措置を取ったことのある雇用関係にある人よりマイナンバーの提供を受ける場合において、その者を対面で確認することで本人であると確認できるときには、身元確認は必要ありません（番号確認のための通知カードの確認のみで構いません）。
○提出者（支払者）が個人であれば、マイナンバー法に規定する本人確認のために、提出者本人のマイナンバーカードの写し、提出者本人の通知カードの写し及び写真付身分証明書（免許証など）の写しのいずれかを添付する必要があります。一方、提出者（支払者）が法人であれば、このような書類を添付する必要はありません。
○様式のサイズが、A6からA5に変更となりました。
○受給者交付用の源泉徴収票には、法人番号又はマイナンバーは記しません。
