人事業務フローにマイナンバーの取扱いを加えると、次のようになります。
1.入社時におけるマイナンバー取得・本人確認（入社時）
従業員：入社書類一式・通知カード（写し）・身元確認書類の送付（会社へ）
→会社：入社書類一式・通知カード（写し）・身元確認書類の受領
→会社：通知カード（写し）と身元確認書類との照合
→会社：入社書類一式・通知カード（写し）・身元確認書類のデータベース登録（人事・給与システムへ）
→会社：入社書類一式・通知カード（写し）・身元確認書類の保管
2.マイナンバーの転記
従業員：社内申請書類の送付（会社へ）
→会社：社内申請書類の受領
→会社：法定帳票の印刷
→会社：法定帳票・社内申請書類への転記、社内申請書類の保管
→会社：人事・給与システムから法定帳票への転記
→会社：法定帳票の送付（提出先機関へ）
→提出先機関：法定帳票の受領
3.目的外利用の排除
従業員：通勤手当申請書の送付（会社へ）
→会社：通勤手当申請書の受領
→会社：通勤手当申請書にマイナンバーを記すことが不要であるにもかかわらず、マイナンバーが記されていたのであれば、同申請書を返却（従業員へ）
→従業員：通勤手当申請書の受領
※マイナンバー法においては、利用目的が限定的に規定されています。ガイドラインでは事業者は、社員の管理のために、マイナンバーを社員番号として利用してはならない旨が記されていることから、従業員が利用目的に当たらない書類にマイナンバーを記してきたら、すぐに返却する必要があります。
4.マイナンバーの廃棄・削除（退職時）
従業員：退職願の送付（会社へ）
→会社：退職願の受領
→会社：会社が保管しているマイナンバーが記された帳票の廃棄、人事・給与システムのデータベース内に保存されているマイナンバーの削除、退職願の保管
