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代替資産は原則的には、収用等の日から2年以内に取得しなければなませんが、代替資産の取得が難しい場合（2年以内に収用事業が完了しない等）は、税務署長に代替資産の取得期限延長承認申請書を出すことによって、その期限の延長を申請することができます。また、事業認定があった際や、事業施行者から買取りなどの申し出があった際には、事前に代替資産を買おうと考えることもあるかと思いますが、収用等のあった日の属する1月1日前1年以内に取得し、且つ事業認定または買取り等の申出があった日以前に得たものは代替資産と認めることが可能です。
　代替資産を申告期限までに得ることが不可能である場合や、申告期限を引延ばしたときには、譲り渡しがあった年の確定申告のときに代替資産の額を見積額で申告します。しかしその後、代替資産の取得をして本当の取得価額と見積額に差額が発生したときには、修正申告または更生の請求をその取得をした日から4か月以内におこなうことになっています。ちなみに代替資産を取得した日から4か月以内に修正申告書を出したときには期限内申告書となるので、過少申告加算税や延滞税は課されないこととなっています。
代替資産の実際の取得価額がその取得価額の見積額より多い場合には、更生の請求書を出して所得税の減額をうけることができます（実際の取得価額100で見積額80の申告の場合には、差額20に応じた所得税の減額）。反対に、代替資産の実際の取得価額がその取得価額の見積額より少ない場合には、修正申告書を提出して所得税の差額を納付しなければいけません（実際の取得価額80で見積額100の申告の場合には、差額20に応じた所得税の納税）。